Se você utiliza integração com sistema de Gestão (Sistema ERP) o cadastro deverá ser feito no seu sistema da loja física. Assim, automaticamente o sistema importa e cadastra as categorias e subcategorias na loja virtual.
Depois que você definiu quais produtos irá trabalhar na loja virtual e construiu sua árvore de Categorias e Subcategorias, basta tirar esse esboço do papel e cadastrar na loja virtual para começar a estruturar seus cadastros.
Lembrando que para poder cadastrar seus produtos, você já deve ter cadastrado na loja virtual as categorias e subcategorias, por isso devemos cadastrá-las antes de iniciar o cadastro do produto.
Abaixo, um tutorial explicativo de como realizar o cadastro de Categorias e Subcategorias com base na árvore que você criou.