Caso pare de usar um método de envio, e a mesma não pode mais cotar fretes na loja, é bem simples a desativação da mesma.
Para desativar, você deve:
1 – Ir em Configurações >Frete Personalizado:
2 – Desça até próximo ao final da página, e clique em Alterar no método de envio em que você deseja desativar:
3 -Logo irá abrir o cadastro do método de envio, e na opções Status, coloquei, Inativo e clique em salvar no final do cadastro:
